Salleh, M. H. M., Y. Esa & R. Mohamed (2023): Global Terrapin Character-Based DNA Barcodes: Assessment of the Mitochondrial COI Gene and Conservation Status Revealed a Putative Cryptic Species. – Animals 13(11): 1720.
Globale Schildkröten-Charakter-basierte DNS-Barcodes: Die Bewertung der mitochondrialen COI-Gene und der Erhaltungsstaus liefern vermutlich eine neue kryptische Art.
Batagur affinis,
© Mohd Hairul Mohd Salleh
Technologische und analytische Fortschritte in der evolutionären Biologie, Ökologie und Erhaltung der Südlichen-Flussschildkröte (Batagur affinis ssp.) beziehen sich auf molekulare Ansätze einschließlich der DNS-Barcode. Wir untersuchten die Verwendung der COI-DNA-Barcodes für die malaiische südliche Flussschildkrötenpopulation, um ein besseres Verständnis über deren genetische Divergenz und deren genetische Charakterisierung zu entwickeln. Wir evaluierten 26 Sequenzen einschließlich vier Sequenzen von wildlebenden Exemplaren der südlichen Flussschildkröte, die wir aus Bota Kanan, Perak, Malaysia und Kuala Berang, Terengganu Malaysia erhielten sowie 22 Sequenzen von global verbreiteten Exemplaren die zuvor schon in die Datenbank zur Barcoderstellung in der Life-Datenbank (BOLD) in der Genbank erfasst waren. Die Art ist in drei Familien untergliedert: 8 Spezies der Geoemydidae (18 %), 3 Arten der Emydidae (6%) und eine Art der Pelomedusidae (2 %). Die Rote Liste der IUCN listet 12 Spezies dieser für diese Studie genutzten Schildkröten als kritisch gefährdet 25% als gefährdet und 8% als bedroht. Mit neuen Haplotypen von den Flussschildkröten der Welt ergaben sich 16 Haplotypen. Die intraspezifischen Distanzwerte zwischen den COI-DNS-Sequenzen wurden, nachdem K2P-Modell berechnet, wobei diese eine potenzielle kryptische Art die zwischen der nördlichen Flussschildkröte (Batagur baska) und der südlichen Flussschildkröte (Batagur affinis affinis) angesiedelt ist. Die Bayesian – Analysen des phylogenetischen Stammbaums zeigten, dass beide Arten in der gleichen Linie angeordnet sind. Die BLASTn Suche ergab zu 100 % die gleichen Spezies für B. affinis wie auch für B. baska. Die Jalview – Reihe visualisierte fast exakt identische Sequenzen zwischen beiden Spezies. Die südliche Flussschildkröte (B. affinis affinis) von der Westküste der malaiischen Halbinsel besaß den gleichen Haplotyp (Hap-1) wie die nördliche Flussschildkröte aus Indien. Allerdings B. affinis edwardmolli von der Ostküste der malaiischen Halbinsel bildete den Haplotyp, Hap-16. Die COI-Analyse ergab neue Haplotypen und zeigte, dass die DNS-Barcodes eine exzellente Möglichkeit bieten, um die Diversität von Populationen aufzuklären.
Kommentar von H.-J. Bidmon
Sicher bieten die DNS-Barcode eine Möglichkeit, solche Verwandtschaftsbeziehungen aufzuzeigen, ob es sich dabei aber wirklich immer um die sicherste Möglichkeit handelt, bleibt fraglich. Siehe dazu Gallego-García et al., (2023).
Literatur
Gallego-García, N., F. Ihlow, S. Ettmar, J. B. Iverson & U. Fritz (2023): Where to set the bar? Recent descriptions inflate species number in South American toad-headed turtles (Mesoclemmys). – Zootaxa 5263(4): 566-574; DOI: 10.11646/zootaxa.5263.4.8 ➚.
Galerien
Batagur affinis – Südliche Batagur-Schildkröte
Batagur baska – Batagur-Schildkröte