Nelson, Holly V., Arthur Georges, Katherine A. Farquharson, Elspeth A. McLennan, Jane L. DeGabriel, Katherine Belov & Carolyn J. Hogg (2025): A Genomic-Based Workflow for eDNA Assay Development for a Critically Endangered Turtle, Myuchelys georgesi. – Ecology and Evolution 15(1): e70798.
Ein genombasierter Arbeitsablauf für die Entwicklung von eDNA-Tests für eine vom Aussterben bedrohte Schildkröte, Myuchelys georgesi.
DOI: 10.1002/ece3.70798 ➚
Myuchelys georgesi,
© Shane Ruming
Die Analyse von Umwelt-DNA (eDNA) hat sich zu einem beliebten Instrument für den Artenschutz entwickelt, um seltene und schwer fassbare Arten aufzuspüren. eDNA-Assays zielen in der Regel auf mitochondriale DNA (mtDNA) ab, da diese eine hohe Kopienzahl pro Zelle aufweist und länger in der Umwelt überdauern kann als Kern-DNA. Folglich stützt sich die Entwicklung von eDNA-Assays auf mitochondriale Referenzsequenzen, die in Online-Datenbanken verfügbar sind, oder, falls solche Daten nicht verfügbar sind, auf die de-novo-DNA-Extraktion und Sequenzierung von mtDNA. In dieser Studie haben wir eDNA-Primer für die vom Aussterben bedrohte Bellinger-Flussschildkröte (Myuchelys georgesi) unter Verwendung eines bioinformatisch zusammengesetzten mitochondrialen Genoms (Mitogenoms) entwickelt, das von einem Referenzgenom abgeleitet wurde. Wir haben die Genauigkeit dieses zusammengesetzten Mitogenoms durch einen Vergleich mit einem Sanger-sequenzierten Mitogenom derselben Art bestätigt, und es wurden keine Basenpaar-Fehlpaarungen festgestellt. Unter Verwendung des bioinformatisch extrahierten Mitogenoms entwarfen wir zwei 20-Basenpaar-Primer, die auf ein 152 Basenpaare langes Fragment des Cytochrom-Oxidase-1-Gens (CO1) und ein 186 Basenpaare langes Fragment des Cytochrom-B-Gens (CytB) abzielen. Beide Primer wurden in silico, in vitro und in situ erfolgreich validiert.
Kommentar von H.-J. Bidmon
So schnell kann es gehen, dass man zu solchen Mitteln greifen muss, wenn unvorhersehbare Krankheitserreger die Populationen dezimieren (siehe dazu Zhang et al., 2018).
Literatur
Zhang, J., D. S. Finlaison, M. J. Frost, S. Gestier, X. Gu, J. Hall, C. Jenkins, K. Parrish, A. J. Read, M. Srivastava, K. Rose & P. D. Kirkland (2018): Identification of a novel nidovirus as a potential cause of large scale mortalities in the endangered Bellinger River snapping turtle (Myuchelys georgesi). – PLoS One 13(10): e0205209 oder Abstract-Archiv.
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Myuchelys georgesi – Bellinger-Schnappschildkröte