Mitelberg, A., A. G. Vandergast, K. E. Nussear, K. Dutcher & T. C. Esque (2019): Development of a Genotyping Protocol for Mojave Desert Tortoise Scat. – Chelonian Conservation and Biology 18(2): 123-132.
Die Entwicklung eines Genotypisierungsprotokolls anhand von Kot für die Mojave-Wüstenschildkröte.
DOI: 10.2744/CCB-1394.1 ➚
Gopherus agassizii,
© H. Bradley Shaffer
Die nicht-invasive Genotypisierung kann ein hilfreiches Instrument zur Populationserfassung versteckt lebender Tiere sein. Wir testeten hier ein Extraktionsprotokoll für Kotproben der gefährdeten Mojave-Wüstenschildkröte, Gopherus agassizii, um zu überprüfen ob auf Kot-basierende „Markierungs-Wiederfang-Fangstudien“ durchführbar sind. Wir extrahierten DNS aus Kotproben von G. agassizii die in Kalifornien und Nevada gesammelt worden waren und testeten dazu verschiedene Extraktionsprotokolle. Anschließend überprüften wir die Zuverlässigkeit der Genotypisierungsergebnisse unter Anwendung von Qualitätsmaßstäben (Scores), der Maximum-Wahrscheinlichkeits-Bestimmung und mit einem paarweisen Vergleich der Geneotypisierungsdaten aus Kot und Blut von jedem einzelnen Individuum. Zum Schluss erfassten wie die Wahrscheinlichkeitsparameter zur Identifizierung und für die Verwandtschaft, die Qualität der Locusamplifikation und wir kalkulierten die Fehlerrate für die Genotypisierung für 19 Mikrosatellitenloci unter Gebrauch der Extrakte aus dem Kot von G. agassizii. Unsere Ergebnisse zeigten, dass die Qualität der Genotypisierung sehr von der Probenqualität abhängt und weniger von der Extraktionsmethode und dass das Qiagen DNeasy Plant Mini – Extraktionskitt die effizienteste Methode ist um Schildkröten-DNS aus Kotproben zu gewinnen. Wir identifizierten 6 G. agassizii–Mikrosatellitenloci die dazu benutzt werden können, um damit eine eindeutige Molekulare-Signatur für jedes Schildkrötenindividuum zu erstellen. Wir charakterisierten die Zuverlässigkeit von zusätzlichen 13 Mikrosatellitenloci für die Verwendung in genetischen Populationsanalysen, wobei zwar deren Gewicht verstärkt wurde, aber auch ein leichter Zuwachs bei der Fehlerrate in Kauf genommen werden musste. Als absolute Überprüfung des Konzepts verglichen wir 3 zufällig ausgewählte Kotextrakte mit dem anhand von Blut bestimmten Genotyp der Exemplare von Tieren die während der Probennahmen in den Populationserhebungen im Untersuchungsgebiet gesammelt worden waren und entdeckten dabei 3 neue Individuen trotz der vorhergehenden 2 Jahre intensiver Arbeit zur Populationserfassung. Diese Ergebnisse lassen den Schluss zu, dass eine Genotypisierung von im Freiland gesammelten Kotproben mit den vorhandenen Methoden möglich ist und dass sie zur Langzeit-demographischen Überwachung und zur Bestimmung des Wanderverhaltens von G. agassizii und anderen nahe verwandten Schildkrötenarten eingesetzt werden können.
Kommentar von H.-J. Bidmon
Eine zukunftsweisende Arbeit, die sicher auch ihren Einsatz für eine nicht-invasive Populationsüberwachung und Zuchtgruppenzusammenstellung in Zoos, in Privathand und in Nachzuchtprojekten ihren Einsatz finden dürfte.
Galerien
Gopherus agassizii – Kalifornische Gopherschildkröte