Wang - 2013 - 01

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Wang, W., C. Y. Li, C. T. Ge, L. Lei, Y. L. Gao & G. Y. Qian (2013): De-novo characterization of the soft-shelled turtle Pelodiscus sinensis transcriptome using Illumina RNA-Seq technology. – Journal of the Zhejiang University Science B 14(1): 58-67.

Eine de-novo Charakterisierung des Transkriptoms der Weichschildkröte, Pelodiscus sinensis mit der Illumina RNS-Seq Technik.

DOI: 10.1631/jzus.B1200219 ➚

Die Weichschildkröte, Pelodiscus sinensis ist eine hochwertige Schildkrötenart in Bezug auf ihre Verwendung als Nahrungsmittel und für medizinische Produkte in den asiatischen Ländern. Allerdings ist bislang wenig über die Gene bekannt, die für die Bildung (Expression) dieser ernährungsphysiologisch qualitativ hochwertigen Produkte und deren molekularen Steuerungsmechanismen verantwortlich sind, wie z. B. ungesättigte Fettsäuren und Kollagen. In dieser Studie untersuchten wir das Transkriptom von sechs Geweben aus Pelodiscus sinensis mit einer Illumina Paired-end Sequnzierungseinrichtung. Wir erhielten mehr als 47 Million Sequenzierungsprodukte und 73.954 Unigene mit einer durchschnittlichen Größe von 754 bp (Basenpaaren) durch die De-novo-Zusammensetzung. Insgesamt zeigten 55,19 % der Unigene (40.814) eine signifikante Übereinstimmung mit Unigenen für Proteine, die aus den Proteindatenbanken des National Center of Biotechnology Information (NCBI) nicht-redundante Proteindatenbank und der Swiss-Prot Datenbank (E-Wert <10(-5)) bekannt sind. Von diesen annotierten Unigenen konnten 9.156 Unigene 52 Genontologie-Kategorien (GO) sowie 11947 Unigene 25 Clustern von orthologen Gruppen (COG) zugeordnet werden. Insgesamt konnten 26.496 (35,83 %) Unigene 242 Regulationskaskaden anhand der Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway database (KEGG- Datenbank) zugeordnet werden. Zusätzlich fanden wir eine hohe Anzahl an exprimierten Genen, die in die Regulation der Synthese von ungesättigten Fettsäuren und Kollagenen bei P. sinensis involviert sind (Desaturasen, Wachstumsfaktoren, Transcriptionsfaktoren und Komponenten der Extrazellularmatrix). Unsere Daten repräsentieren die bislang umfangreichste Sequenzressource für die chinesische Weichschildkröte und sie liefern daher die Basis für neue Forschungsansätze zu dieser Schildkröte, wie auch für Fragestellungen der molekularen Genetik und der funktionellen Schildkrötengenomik. Unserer Kenntnis nach berichten wir erstmalig über eine großangelegte RNS-Sequenzierung (RNA-Seq) für Schildkröten, was das Wissen über Schildkröten für zukünftige Forschungen bereichern dürfte.

Kommentar von H.-J. Bidmon

Dieses etwas komplizierte Abstrakt ist sicher nur bedingt für Schildkrötenliebhaber interessant, aber es verdeutlicht uns wieder einmal ganz klar, dass dort, wo Schildkröten, wenn auch nur als Nahrungsmittel eine allgemein wirtschaftliche Relevanz erlangt haben, auch moderne Forschung betrieben wird. Letzteres wirft auch Daten ab, die aus veterinärmedizinischer Sicht von Interesse sein können. Letztendlich zeigen solche Daten aber auch, dass Schildkrötenprodukte ersetzbar sind, zumindest durch die Nahrungsbestandteile, die schon aus anderen Datenbanken und damit aus anderen Nutztieren bekannt sind..

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